A késő középkori faszobrok és táblaképek földszinti kiállítása az első emeleten, a királyi palota egykori tróntermében és a hozzá kapcsolódó két melléktérben folytatódik. Itt összesen tizenöt, javarészt teljes egészében fennmaradt szárnyasoltár tekinthető meg, számos további szárnyasoltár-töredékkel egyetemben. Az itt kiállított műtárgyak többsége a XVI. század elejéről származik. Ez az együttes Európa hasonló jellegű gyűjteményei között a teljes oltárok számát és művészi minőségét tekintve is a jelentősek közé tartozik. A kiállítás különlegessége, hogy benne egymás mellett látható több olyan oltárretábulum is, amely eredetileg is ugyanabban a templomban állt: a Magyar Nemzeti Galéria őrzi a szepességi Leibic és Nagyszalók, továbbá Liptószentandrás plébániatemplomainak két-két oltárát, valamint a kisszebeni plébániatemplom Angyali üdvözlet- és Szent Anna-oltára mellett ugyanezen templom főoltárát is. A kisszebeni főoltár a középkori Magyarország legnagyobb oltárretábulumai közé tartozik. A kiállításon jelenleg csak szobrai és szárnyképeinek egy része láthatók, a teljes oltár felállítására restaurálásának befejeztével kerülhet sor. A trónterem előterében kiállított szárnyasoltár-töredékek között kapott helyet a gyűjtemény egyik legjelentősebb darabja, MS mester egykori selmecbányai oltárának Vizitáció-táblája.