A középkori és reneszánsz lapidárium szobortöredékeket, szobrászi értékű épület-faragványokat, valamint sírkőtöredékeket tartalmaz a XI-XVI. századból. A jáki apátsági templomból, a középkori kalocsai székesegyházból, a pilisszentkereszti ciszterci apátságból származó nagyobb emlékegyüttesek mellett a magyar művészettörténet korai szakaszának olyan emblematikus darabjai találhatók itt, mint az aracsi emlékkő, a kalocsai királyfej, a pécsi Jákob-kő, vagy Gertrudis királyné pilisi síremlékének töredékei. A jelentős reneszánsz töredékek sorában szerepel a Giovanni Dalmatának tulajdonított diósgyőri oltár, illetve egy Nyitráról származó dombormű Krisztus búcsújának ábrázolásával.