1867-ben a jeles tengerbiológust, Arronax professzort felkérik, hogy derítse fel milyen titokzatos szörny garázdálkodik az Atlanti óceán északi részén. A tudóst az expedícióra elkíséri a lánya, Sophie is. A szörny és a tudósok első találkozása tragikusan végződik: a professzor és lánya a szigonnyal remekül bánó Neddel együtt belesodródik a tengerbe, ahol az élőlény helyett egy különös tengeralattjáró várja őket, fedélzetén Nemo kapitánnyal. A Nautilusnál nincs jobban felszerelt hajó és a tudósok boldogok, hogy végre méltó körülmények között dolgozhatnak. Ned azonban nem osztja örömüket, a férfi mindenáron meg akar szökni a tengeralattjáróról.