Egy amerikai szenátort meggyilkol a MIB, egy titokzatos szervezet, akiknek az a feladata, hogy eltitkoljanak a világ elől minden ufókkal kapcsolatos információt. Rafferty ügynök (Jack Scalia), az amerikai titkosszolgálattól, szembeszáll velük, hogy fényt derítsen az igazságra. Azonban az egyetlen személy, aki segíthet neki ebben, egy másik világból érkezett.