1965-ben a texasi Brownsville-be költözött, 1965-1973 között pedig a Houston-i Egyetemre járt, ahol képzőművészeti diplomát szerzett. Első önálló festmény kiállítását 1979-ben rendezte a New York-i Mary Boone galériában. Azóta Schnabel festményei és szobrai bejárták az egész világot, és olyan magán- és közgyűjtemények tulajdonába kerültek, mint a New York-i Modern Művészetek múzeuma, a Whitney Museum of American Art, a Los Angeles-i Kortárs Művészetek Múzeuma, a Bilbaói Guggenheim Múzeum, a párizsi George Pompidou Központ, a londoni Tate Galéria, a tokiói Metropolitan múzeum, a washingtoni Nemzeti galéria, s munkái a New York-i Pace Wildenstein múzeumban is megtekinthetők. 1996-ban játékfilmet írt és rendezett Jean Michel Basquiat New York-i festőművészről. A filmet a Velencei Filmfesztiválon mutatták be, a főszerepeket pedig Jeffrey Wright, David Bowie, Michael Wincott, Gary Oldman és Dennis Hopper alakították. A Mielőtt leszáll az éj Schnabel második filmje. Schnabel családjával és feleségével, Olatz Lopez Garmendiával (a filmben ő játssza Reinaldo édesanyját) New Yorkban és a spanyolországi San Sebastianban él.