A Tövisek ura egy sci-fi-túlélődráma. A sztori legnagyobb részét az egyik főhős, a japán lány, Kasumi szemén keresztül látjuk. Kasumit úgy ismerjük meg, mint egyikét annak a csupán 160 embernek, akiket az egész világból választottak ki kísérleti alanyokként a világon végigsöprő halálos kór, a gyilkos Medúza-vírus elleni gyógymód kifejlesztésére. Kasumi nem fogadja kitörő örömmel ezt a fejleményt, mert erőszakkal vetik alá a kezelésnek és a hibernálásnak, elszakítva ikerhúgától, Shizukutól, akit a legjobban szeret.

Nem tudni, pontosan mennyi idő múlva azonban néhányan egyszer csak felébrednek a hibernálásból, de az épületben, ahol elvileg kezelés alatt kéne állniuk, mindenütt csak a rothadó falakat találják, melyeket fák és főleg, tövisekkel borított, furcsa kúszónövények buja dzsungele támadt meg, amik mintha saját tudattal bírnának. És ez még nem minden, a túlélők hamar felfedezik, hogy a rom tele van fura dinoszauruszszerű lényekkel és más hatalmas aberrációival a természetnek. A túlélők, akik azt gondolják, hogy hosszú idő telt el a szigetre kerülésük óta, hamar rájönnek, valójában nemcsak hogy túl rövid ideig aludtak ahhoz, hogy az alatt ilyen drámai változások természetes folyamatként bekövetkezzenek, de maga a helyzet is és ami mögötte van, sokkal hatalmasabb, mint képzelték.