Nyírbátor a XIII. század végén került a Báthoriak birtokába, s ezzel egyidőben városi rangra is emelkedett. Ahogyan nőtt a Báthori család politikai és gazdasági hatalma, úgy gyarapodott a város is, amely a XV-XVII. század között a környék legjelentősebb kereskedelmi, ipari és szellemi központjává vált.

Báthori István országbíró és erdélyi vajda az 1480-as években építtette a magyarországi késő gótika két kiemelkedő alkotását, a kolostor melletti ferences (minorita) templomot és a család temetkezési helyének szánt mai református templomot, amely eredetileg Szent Györgynek szentelt kápolna volt. Ettől a templomtól nem messze állott a Báthoriak reneszánsz stílusban épült várkastélya is, amely sajnos teljesen elpusztult. Emlékét a múzeum állandó kiállításában is látható faragott kövek és gótikus kályhacsempék őrzik. A múzeum földszinti nagyterme a városnak ezt a dicső korszakát mutatja be. Kiemelkedő jelentőségá mátárgyai közé tartozik az 1511-ben Firenzében készült stallum, amely a magyarországi reneszánsz fafaragványok egyik legmonumentálisabb, európai rangú alkotása. Itt látható a Báthori család címerét ábrázoló 1484-es évszámmal ellátott vörösmárvány kőfaragvány, amely Magyarországon az első datált reneszánsz kőemlék. Külön vitrinben mutatjuk be a Báthori István lengyel királyhoz és korához fáződő emlékeket.