Visszatértek! Újra itt van Leonardo, Donatello, Raffaello és Michalangelo, vagyis a tini nindzsa teknőcök, akik Szecska mestertől, a patkány szenszeitől tanulták meg a nindzsucu művészetét. A csatornarendszerben található rejtekhelyükről előbújva, a hüllőtestvérek belvetik magukat New York csodálatos világába, hogy szembe találják magukat a város elképzelhetetlenül veszélyes gonosztevőivel, és elképzelhetetlenül finom pizzáival.
A Zúzóval, Kranggal és rengeteg más szupererős mutánssal folytatott harcaik során a teknőcök lassan megtanulják, hogyan bízzanak magukban és egymásban, és hogy hogyan váljanak olyan hőssé, akivé a sorsuk rendelte őket.